Fundada por iniciativa popular e com projeto do Padre António de Ornelas Simões, esta ermida teve a bênção da primeira pedra a 2 de julho de 1967.

A cerimónia foi presidida por D. José Vieira Alvernaz, Patriarca das Índias Orientais. O templo foi aberto ao culto a 22 de maio de 1970, sendo dedicado ao Beato João Baptista Machado, mártir terceirense.